沖縄美ら島財団は、沖縄美ら海水族館や海洋博公園、首里城公園など、公益性の高い施設を管理運営しています。また、総合研究所では海洋生物や亜熱帯性植物などに関する調査研究や技術開発、普及啓発活動を行っています。